Der Gründereffekt ist ein spezieller Fall des genetischen Flaschenhalses, der auftritt, wenn eine kleine Anzahl von Individuen aus einer größeren Population abwandert und eine neue, isolierte Population gründet. Diese Gründerpopulation trägt nur einen Teil der genetischen Vielfalt der ursprünglichen Population in sich. Die genetische Zusammensetzung der neuen Population ist daher oft nicht repräsentativ für die ursprüngliche Population, sondern spiegelt zufällig die Allele wider, die von den wenigen Gründern mitgebracht wurden. Dies kann zu erheblichen Unterschieden in der Allelfrequenz zwischen der Gründerpopulation und der Ursprungspopulation führen.

Eine der Hauptfolgen des Gründereffekts ist eine drastische Reduzierung der genetischen Diversität in der neu etablierten Population. Da nur ein kleiner Teil des ursprünglichen Genpools vorhanden ist, gehen viele Allele, die in der Quellpopulation vorkamen, in der neuen Population entweder verloren oder ihre Frequenzen ändern sich signifikant. Seltene Allele, die in der Ursprungspopulation kaum Bedeutung hatten, können in der Gründerpopulation zufällig häufiger werden, während häufige Allele gänzlich fehlen können. Dieser zufällige Verlust oder die Fixierung von Allelen wird maßgeblich durch die genetische Drift beeinflusst, die in kleinen Populationen besonders stark wirkt.

Der Gründereffekt hat oft weitreichende Auswirkungen auf die Prävalenz von Erbkrankheiten. Wenn zufällig ein oder mehrere Gründer Träger seltener rezessiver Allele für bestimmte Krankheiten sind, können diese Allele in der neuen Population eine viel höhere Frequenz erreichen, als es in der größeren Ursprungspopulation der Fall wäre. Ein bekanntes Beispiel hierfür ist das Ellis-van-Creveld-Syndrom, eine seltene Erbkrankheit, die bei den Amish in Pennsylvania aufgrund eines Gründereffekts eine deutlich höhere Häufigkeit aufweist. Langfristig kann die reduzierte genetische Vielfalt die Anpassungsfähigkeit der Population an sich ändernde Umweltbedingungen einschränken und sie anfälliger für Krankheiten oder Umweltstress machen.

Obwohl der Gründereffekt eine Form des genetischen Flaschenhalses ist, unterscheidet er sich dadurch, dass die Populationsgröße nicht durch ein katastrophales Ereignis reduziert wird, sondern durch die Abwanderung und Neubesiedlung. Er ist ein wichtiger Mechanismus in der Speziation und der Evolution von Inselpopulationen oder Populationen in isolierten Lebensräumen. Für den Artenschutz ist das Verständnis des Gründereffekts von großer Bedeutung, da er erklären kann, warum kleine, isolierte Populationen, die aus wenigen Individuen hervorgegangen sind, oft eine geringe genetische Vielfalt aufweisen und möglicherweise spezielle Managementstrategien benötigen, um ihre Überlebensfähigkeit zu sichern.